Uma fazenda chamada São Bento, pertencente a José Paulino de Oliveira Garrote, deu origem à povoação do território. O nome da fazenda vem de sua localização às margens do Riacho São Bento, um dos afluentes do Rio Trairí.
José Paulino Garrote decidiu iniciar, no ano de 1907, o vitorioso processo de povoamento da área. Morrendo em 1913, deixando a região liderada inicialmente por sua fazenda, em plena prosperidade.
Na terra de São Bento, cujo padroeiro não é o santo do mesmo nome, isso está relacionado com dona Francisca Paulino de Oliveira, esposa de José Paulino de Oliveira Garrote, que ao retornar de uma romaria ao Juazeiro, no Ceará, adoeceu de varíola, doença terrível (na época), e prometeu erguer uma capela em homenagem a São Sebastião caso tivesse a saúde recuperada. Dona Francisca Paulino ficou curada e a capela foi construída no ano de 1911.
Existe mais de uma versão sobre a doença da esposa do fundador de São Bento do Trairí, entre uma picada de cobra Venenosa contada por alguns escritores da região e Varíola, versão do Escritor Potiguar Câmara Cascudo que é realmente a verdadeira.
O abastecimento de água da época era feito através de uma cacimba existente no leito do Riacho São Bento, com profundidade de aproximadamente três metros, a mesma atendia a fazenda e as comunidades de Remédio, Pau D'arco, Paulista, telha, e Baixa Verde, as já habitadas naquela época. O riacho São Bento em seguida passou a chamar-se de Rio São Francisco.
Dentre alguns nomes que se destacaram na formação do município podemos citar Victor Peixoto Soares, que ajudou a angariar recursos para ampliar a Capela de São Sebastião e sempre colaborou na organização da festa do Padroeiro, Cearense de bom grado, trouxe amplos conhecimentos para a população iniciante do Município, chegando a ministrar aulas particulares em domicílio, e Secretariou Durante muito tempo um dos principais Comerciantes e Pecuaristas o Sr. João Ribeiro da Silva, outro eminente vulto na História econômico do Município, que fornecia energia para a cidade do seu motor gerador e exportava a Lã de algodão para cidade do Natal. Também no mesmo período destacamos seu Concorrente Antônio Borges de Assunção.
Outro Grande nome da Nossa história foi Euclides Alexandrino da Silva, que assumiu a função de Juiz Distrital outorgado pelo Coronel Ezequiel Mergelino de Souza, Chegando a realizar vários casamentos, Escrituras Públicas e consensos familiares. Pai da primeira professora deste Município, Maria Lídia da Silva, que hoje entitula a 1ª Escola Deste Município, que começou seu funcionamento por volta do ano de 1945, fundada pelo então prefeito da época da cidade de Santa Cruz, Dr. Jácio Luiz Bezerra Fiuza, como Escola Isolada de São Bento do Trairí, anos depois passou a denominação de Escola reunida de São Bento do Trairí, sem nenhuma regulamentação oficial. Através do decreto 10.230 de 09 de Dezembro de 1988, criou e autorizou, seu funcionamento, quando então já se chamava Escola Estadual “São Bento do Trairi” Ensino de 1º Grau. Em 1994 a escola foi transformada através do decreto 12.094 em escola de 1º e 2º grau e mudando de nome para o atual, hoje oferecendo Ensino Fundamental e Médio.
Crescendo na fronteira com o estado da Paraíba, São Bento do Trairi, com suas terras férteis, com seu plantio de cereais e algodão, era citado com elogios pela sua economia. Em 1953 passou a categoria de vila, sendo emancipada em 31 de dezembro de 1958, através da Lei número 2.334, desmembrando-se do município de Santa Cruz, seu primeiro prefeito interino, Nomeado pelo então Governador do Estado Dinarte de Medeiros Mariz, Foi José Bezerra Cavalcante popularmente conhecido por "Zé de Balele", que administrou por um pequeno período. Logo após foi nomeado o Segundo Prefeito Interino Geraldo Bezerra Cavalcante, conhecido por Major Geraldo, e o terceiro e ultimo Prefeito Interino foi José Ribeiro da Silva, que disputou as eleições constitucionais perdendo para o seu principal concorrente Pedro Costa Soares, mas hoje denomina a principal Escola do Município.
Pedro Costa Soares administrou de 1960 até 1965, vindo apoiar o advogado José Ivalter Ferreira, candidato único, que administrou o município até a intervenção, sendo substituído pelo Interventor Coronel Rafael Afonso de Oliveira, que dirigiu os destinos do Município até Janeiro de 1970, o qual foi substituído José Xavier da Silva, vulgo José Miquilino, eleito no dia 30 de novembro de 1969, com 203 votos.
A população de São Bento é predominantemente católica, manifestando sua fé religiosa e o amor a Deus na festa do padroeiro do lugar São Sebastião, que é comemorada de 11 a 20 de janeiro. Os católicos contam com quatro capelas sendo três na Zona rural nas comunidades Malhada Vermelha, Ipoeira Funda e Telha e uma na sede do Município. Os Evangélicos também contam com três templos para orações e cultos a Deus, Batista Fundamentalista, Adventista do Sétimo Dia e Assembléia de Deus.
O município de São Bento do Trairi está localizado na MICRORREGIÃO DA BORBOREMA POTIGUAR, na região do Trairi. Sua população é cerca de quatro mil habitantes. Seu clima é semi-árido e seu solo é úmido, muito propício a agricultura. O ponto mais alto é a serra da telha com 330m de altitude em relação ao nível do mar, o maior reservatório hídrico do município é o açude Comunitário Boa Fé, com capacidade para aproximadamente 9 milhões de Metros cúbicos, construído no ano de 2003, sendo um dos maiores de toda a região do Trairi. Existem dois cursos d’água muito importantes para o município, que são os Rios São Francisco e Pinta Cachorro. O município de São Bento do Trairí conta com uma dificuldade considerável em seu crescimento, uma vez que fica localizado em um local de difícil acesso, onde só tem estrada pavimentada interligando-o com a cidade de Santa Cruz.